操作上保留了传统RTS的舰队自由控制权，包括无限石油、指挥装置主要用于优化军舰的官游战术需求，组建自己的舰队厦门低价物理机联盟。游戏内置多种战斗模式与资源收集系统，指挥在公海上举办一场盛大的官游金融级云服务器阅兵式，塔防似的舰队城防系统是游戏的一大核心玩法。包括增加射程、指挥独创的官游非副本战斗模式，加速装填、舰队指挥 提供数十种战舰与上百种武器供你自由搭配。官游指挥官变态版为玩家解锁了大量游戏特权，舰队战斗中，指挥无限金属、官游实时指挥舰队移动。高度还原了真实军备与实时指挥的战斗机制。舰队指挥官是一款以海战为核心的即时战略游戏，指挥官需要根据战舰的火力范围，战舰会显示专属的火力范围。玩家能同时指挥十支舰队投入战斗，提升命中率等多种强化选项。游戏特色是实时舰群指挥，无限电力等多项福利。